De haven van Pouilly-en-Auxois is een haven aan de noordzijde van de gelijknamige tunnel in het Franse Canal de Bourgogne. 
Bij de haven was ook een droogdok voor de bac transporteur die te hoge, meestal ledige schepen, de mogelijk bood om de tunnel te kunnen passeren. Dar droogdok is afgedekt, en nu ligt de sleepboot daar onder een afdak.